Quan chế

1 năm sau khi lên ngôi Chúa ( năm 1614), Nguyễn Phúc Nguyên quyết định bãi bỏ Đô ty, Thừa ty, Hiến ty, là thiết chế quân sự của hệ thống chính quyền nhà Lê. Trong các năm 1614 và 1615, ông tổ chức lại việc cai trị, đặt ra tam ti tại Chính dinh và các chức lệnh sử để trông coi mọi việc, định quy chế các chức vụ ở phủ, huyện, phân chia ruộng đất ở thôn xã.
Bên canh đó còn các ty Nội Lệnh sử kiêm coi các thứ thuế, Tả Lệnh sử và Hữu lệnh sử chia nhau thu tiền sai dư ở hai xứ về nộp Nội phủ.
Tại các dinh ở ngoài, tùy theo từng nơi,có nơi Chúa chỉ đặt một Lệnh sử ti kiêm cả việc Xá sai ti và Tướng thần lại ti, nhưng cũng có nơi đặt hai ti là Xá sai ti và Tướng thần lại ti, có nơi thì đặt Xá sai ti và Lệnh sử ti để coi việc quân dân, đinh điền, sổ sách, từ tụng, thuế khóa... nghĩa là tùy nơi quan trọng hay là không, mà thêm bớt quan viên.

Đầu năm 1615,các quy chế mới về chứ trách và quyền hạn của các phủ, huyện được ban hành. Theo quy chế này thì ở phủ huyện, Tri phủ, Tri huyện coi việc từ tụng; các thuộc hạ thì có: Đề lại, Thông lại chuyên việc tra khám. Huấn đạo, Lễ sinh chuyên việc tế tự ở chỗ sở tại. Còn việc thu thuế thì đặt quan khác để coi về việc ấy.
Về đàng quan võ thì đặt chức :chưởng đinh, chưởng cơ, cai cơ,cai đội để coi việc binh.

Quan lại ở Bắc Bổ được bổ vào xứ Thuận Quảng cho đến khi chúa Sãi Nguyễn Phúc Nguyên không chịu nộp thuế cho nhà Lê.