Điều hành Đàng Trong

Những năm cuối đời, Nguyễn Hoàng bề ngoài tuy chưa chống đối họ Trịnh nhưng bên trong đã hết sức phòng bị.
Tháng 6, năm 1613, Nguyễn Hoàng trước khi mất dặn Nguyễn Phúc Nguyên rằng : Đất Thuận Quảng phía bắc có núi Ngang Hoành Sơn và sông Gianh Linh Giang hiểm trở, phía nam ở núi Hải Vân và núi Đá Bia Thạch Bi sơn vững bền. Núi sẵn vàng sắt, biển có cá muối, thật là đất dụng võ của người anh hùng. Nếu biết dạy dân luyện binh để chống chọi với họ Trịnh thì đủ xây dựng cơ nghiệp muôn đời. Ví bằng thế lực không địch được, thì cố giữ vững đất đai để chờ cơ hội, chứ đừng bỏ qua lời dặn của ta.

Các quan vâng lệnh di chiếu tôn Phúc Nguyên làm Thống lãnh Thủy bộ Chư dinh kiêm Tổng Nội ngoại Bình chương Quân quốc Trọng sự Thái bảo Thụy Quận công. Bấy giờ ông đã 51 tuổi. Ông còn được vua Lê Kính Tông (1599 - 1619) sắc phong làm trấn thủ hai xứ Thuận Hóa, Quảng Nam gia hàm Thái bảo, tước Quận công.