Mùa giải 2016-2017
Mở đầu mùa giải 2016-2017, Rooney đã lập công cho Jesse Lingard trong chiến thắng 2-1 của Manchester United trước Leicester City ở FA Community Shield 2016, nâng cao danh hiệu thứ hai của anh với tư cách là đội trưởng của câu lạc bộ. Rooney trở thành cầu thủ thứ ba từng đạt được 100 pha kiến tạo tại Premier League, kiến tạo cả hai bàn thắng của Zlatan Ibrahimović trong chiến thắng 3-1 trước Swansea City. Rooney đã vượt qua Ruud van Nistelrooy để trở thành cầu thủ ghi nhiều bàn thắng nhất mọi thời đại cho Manchester United ở các giải đấu châu Âu với 39 bàn thắng, mở tỉ số trong chiến thắng 4–0 trên sân nhà trước Feyenoord ở trận chung kết Europa League.
Rooney ghi bàn vào lưới Reading ở vòng 3 FA Cup để cân bằng Bobby Charlton với tư cách là cầu thủ ghi nhiều bàn thắng nhất mọi thời đại cho Manchester United. Bàn thắng của Rooney là bàn thắng thứ 249 trong 543 trận cho Manchester United, đạt cột mốc này sau 215 trận và nhanh hơn 4 mùa so với Charlton. Rooney cuối cùng đã vượt qua Charlton để trở thành cầu thủ ghi nhiều bàn thắng nhất cho Manchester United sau khi ghi bàn thắng thứ 250 cho câu lạc bộ và bàn gỡ hòa từ một quả đá phạt trực tiếp vào lưới Stoke City tại Bet365 Stadium ở những phút cuối cùng của trận đấu.
