Chỉ phối hợp nhiều loại kháng sinh khi thật cần thiết
Tăng tác dụng lên các chủng đề kháng mạnh: Trường hợp này được sử dụng cho điều trị nhiễm khuẩn mắc phải ở bệnh viện hoặc những trường hợp bệnh đã chuyển thành mãn tính do điều trị nhiều lần không khỏi. Giảm khả năng kháng kháng sinh hoặc tránh tạo những chủng vi khuẩn đề kháng: Phối hợp kháng sinh với mục đích này thường được áp dụng khi điều trị các bệnh nhiễm khuẩn kéo dài.
Nới rộng phổ tác dụng của kháng sinh: Đa số các kháng sinh thông dụng không có tác dụng hoặc tác dụng yếu lên các vi khuẩn kỵ khí, đặc biệt là các chủng vi khuẩn kỵ khí Gram âm, do đó việc phối hợp kháng sinh chủ yếu để diệt vi khuẩn kỵ khí. Những trường hợp không được phối hợp kháng sinh: Trong trường hợp bắt buộc phải phối hợp thì phải có các biện pháp theo dõi chặt chẽ để xử lý tai biến kịp thời.