Mùa giải 2009 - 2010
United suýt chút nữa đã bỏ lỡ chức vô địch mùa giải 2009-2010, kém Chelsea 1 điểm. Rooney đảm nhận vai trò thủ lĩnh sau sự ra đi của Cristiano Ronaldo, và anh thăng hoa trên sân bóng khi ghi 34 bàn trên mọi đấu trường, trong đó có 26 bàn trong số đó đến ở giải VĐQG. Ngày 25 tháng 4 năm 2009, Rooney ghi bàn thắng cuối cùng trong mùa giải vào lưới Tottenham; United ghi được năm bàn thắng trong hiệp hai để dẫn trước 2–0 để giành chiến thắng 5–2; Rooney ghi hai bàn, kiến tạo hai và kiến tạo dẫn đến quả phạt đền cho bàn thắng đầu tiên của United.
Vào ngày 22 tháng 8, anh trở thành cầu thủ thứ 20 của Manchester United ghi được 100 bàn thắng cho câu lạc bộ, khi anh ấy ghi hai bàn trong chiến thắng 5–0 trước Wigan. Rooney đã ghi một bàn thắng từ chấm phạt đền để san bằng tỷ số trận đấu sau khi Andrey Arshavin đưa Pháo thủ vượt lên dẫn trước trong trận United đấu với Arsenal tại Old Trafford. Vào ngày 28 tháng 11 năm 2009, Rooney ghi hat-trick đầu tiên sau 3 năm trong chiến thắng 4–1 trước Portsmouth trên sân khách, với hai bàn thắng là những quả phạt đền. Ngày 27 tháng 12 năm 2009, anh được trao giải Cầu thủ xuất sắc nhất trận đấu với Hull City. Vào ngày 23 tháng 1 năm 2010, Rooney ghi cả 4 bàn trong chiến thắng 4–0 của Manchester United trước Hull; ba trong số các bàn thắng đến trong mười phút cuối cùng của trận đấu. Đây là lần đầu tiên trong sự nghiệp, anh ghi bốn bàn trong một trận đấu.