Sự nghiệp "theo Chúa Nguyễn, chống Tây Sơn.
Tháng 11 (âm lịch) năm 1793, Lê Văn Duyệt được Nguyễn Ánh phong làm thuộc nội vệ úy, vì "tuy sinh ra là người (thái) giám, (nhưng là) người mạnh dữ mà đánh giỏi, có công tùng chinh". Kể từ đó, Chúa Nguyễn thường bàn việc binh với Lê Văn Duyệt. Năm 1781, một lần chúa Nguyễn Phúc Ánh bị quân Tây Sơn đánh đuổi chạy đến vàm Trà Lọt, có ngụ tại nhà ông Lê Văn Toại. Cảm ơn cưu mang, Lê Văn Duyệt được Chúa Nguyễn tuyển dụng làm thái giám, lãnh nhiệm vụ bảo vệ cung quyến. Lúc bấy giờ, ông vừa tròn 17 tuổi.
Theo Quốc Triều sử toát yếu thì trong trận đánh tại Đồng Văn, ông bị quân Tây Sơn bắt, nhưng sau đó trốn về được. Tháng 11 (âm lịch) năm 1784, ông gặp lại Nguyễn Phúc Ánh, rồi gắn bó chặt chẽ với vị chúa này, trong đó có hai lần ông hộ giá sang Xiêm (Thái Lan).
Tháng 11 (âm lịch) năm 1793, Lê Văn Duyệt được Nguyễn Ánh phong làm thuộc nội vệ úy, vì "tuy sinh ra là người (thái) giám, (nhưng là) người mạnh dữ mà đánh giỏi, có công tùng chinh". Kể từ đó, Chúa Nguyễn thường bàn việc binh với Lê Văn Duyệt.
Tháng 11 (âm lịch) năm 1800, ông được cử theo Tiết chế Nguyễn Văn Thành. Hai ông hợp quân đánh thắng một trận lớn, nhưng sau đó nảy sinh hiềm khích. Sách Quốc Triều sử toát yếu chép: ...Thành hay uống rượu, lúc gần ra trận, cầm hồ rót rượu, rót cho Duyệt một chén và nói rằng: "Uống rượu để thêm sức mạnh". Ông Duyệt nói: "Ai tánh hay sợ mới uống rượu để cho thêm sức mạnh, còn như tôi thời trước mắt không coi (đó là) trận dữ, cần chi phải uống rượu". Thành có ý thẹn, từ đó giận Duyệt.
Tháng Giêng (âm lịch) năm 1801, Lê Văn Duyệt cùng Chúa Nguyễn và các tướng là Nguyễn Văn Trương, Tống Phước Lương, Võ Di Nguy đánh chiếm cửa biển Thị Nại (trận Thị Nại (1801)). Khi lâm trận, tướng Võ Di Nguy bị trúng đạn chết, ông Duyệt càng gắng sức đánh, đốt phá gần hết binh thuyền Tây Sơn. Trận ấy được khen là "võ công đệ nhất" của Nhà Nguyễn và là "võ công lớn nhất" của Lê Văn Duyệt.
Tháng 4 (âm lịch) cùng năm, ông Duyệt theo Chúa Nguyễn ra đánh Phú Xuân. Tháng sau, đại binh vào cửa Tư Hiền, ông và Lê Chất phá được đồn quân Tây Sơn ở núi Quy Sơn (tức núi Linh Thái), bắt sống được Phò mã Nguyễn Văn Trị và Đô đốc Phan Văn Sách. Đến ngày 3 tháng 5 (tức ngày 15 tháng 6 năm 1801), ông cùng Chúa Nguyễn Phúc Ánh tiến vào nội thành Phú Xuân sau khi đánh tan đội thủy quân của nhà Tây Sơn, khiến Vua Cảnh Thịnh phải tháo chạy ra Bắc.
Sau đó, Chúa Nguyễn sai Tiết chế Lê Văn Duyệt (có Lê Chất đi theo) đem quân bộ vào Quảng Nam, Tống Viết Phước(hay Phúc) đem quân thủy, chia đường vào cứu thành Bình Định. Dọc đường, Lê Văn Duyệt đánh thắng nhiều trận, nhưng không kịp cứu Quận Công Võ Tánh và Lễ Bộ Ngô Tùng Châu. Vì lương hết, hai ông đều đã tuẫn tiết vào cuối tháng 5 (âm lịch) năm 1801. Xét công, Chúa Nguyễn phong Lê Văn Duyệt làm "Thần sách quân Chưởng tả dinh Đô thống chế Quận Công". Lại cho Lê Chất làm tướng dưới quyền, để cùng mang quân đi thu phục các nơi.
Ngày mồng 1 tháng 5 năm Nhâm Tuất ( tức 31 tháng 5 năm 1802), Chúa Nguyễn Phúc Ánh lên ngôi tại Phú Xuân, đặt niên hiệu là Gia Long. Lê Văn Duyệt được phong làm "Khâm sai Chưởng Tả Quân dinh Bình Tây tướng quân, tước Quận công" để cùng với Lê Chất đem bộ binh ra Bắc truy diệt vua quan nhà Tây Sơn. Theo phối hợp còn có binh thuyền do tướng Nguyễn Văn Trương chỉ huy. Đến tháng 6 (âm lịch), thì quân bộ sang sông Linh Giang (tức sông Gianh ở Quảng Bình) rồi hiệp với quân thủy đánh lấy Nghệ An, Thanh Hóa, Thăng Long. Đến lúc ấy, nhà Tây Sơn kể như bị diệt.Làm đại thần nhà Nguyễn.
Theo Quốc Triều sử toát yếu thì trong trận đánh tại Đồng Văn, ông bị quân Tây Sơn bắt, nhưng sau đó trốn về được. Tháng 11 (âm lịch) năm 1784, ông gặp lại Nguyễn Phúc Ánh, rồi gắn bó chặt chẽ với vị chúa này, trong đó có hai lần ông hộ giá sang Xiêm (Thái Lan).
Tháng 11 (âm lịch) năm 1793, Lê Văn Duyệt được Nguyễn Ánh phong làm thuộc nội vệ úy, vì "tuy sinh ra là người (thái) giám, (nhưng là) người mạnh dữ mà đánh giỏi, có công tùng chinh". Kể từ đó, Chúa Nguyễn thường bàn việc binh với Lê Văn Duyệt.
Tháng 11 (âm lịch) năm 1800, ông được cử theo Tiết chế Nguyễn Văn Thành. Hai ông hợp quân đánh thắng một trận lớn, nhưng sau đó nảy sinh hiềm khích. Sách Quốc Triều sử toát yếu chép: ...Thành hay uống rượu, lúc gần ra trận, cầm hồ rót rượu, rót cho Duyệt một chén và nói rằng: "Uống rượu để thêm sức mạnh". Ông Duyệt nói: "Ai tánh hay sợ mới uống rượu để cho thêm sức mạnh, còn như tôi thời trước mắt không coi (đó là) trận dữ, cần chi phải uống rượu". Thành có ý thẹn, từ đó giận Duyệt.
Tháng Giêng (âm lịch) năm 1801, Lê Văn Duyệt cùng Chúa Nguyễn và các tướng là Nguyễn Văn Trương, Tống Phước Lương, Võ Di Nguy đánh chiếm cửa biển Thị Nại (trận Thị Nại (1801)). Khi lâm trận, tướng Võ Di Nguy bị trúng đạn chết, ông Duyệt càng gắng sức đánh, đốt phá gần hết binh thuyền Tây Sơn. Trận ấy được khen là "võ công đệ nhất" của Nhà Nguyễn và là "võ công lớn nhất" của Lê Văn Duyệt.
Tháng 4 (âm lịch) cùng năm, ông Duyệt theo Chúa Nguyễn ra đánh Phú Xuân. Tháng sau, đại binh vào cửa Tư Hiền, ông và Lê Chất phá được đồn quân Tây Sơn ở núi Quy Sơn (tức núi Linh Thái), bắt sống được Phò mã Nguyễn Văn Trị và Đô đốc Phan Văn Sách. Đến ngày 3 tháng 5 (tức ngày 15 tháng 6 năm 1801), ông cùng Chúa Nguyễn Phúc Ánh tiến vào nội thành Phú Xuân sau khi đánh tan đội thủy quân của nhà Tây Sơn, khiến Vua Cảnh Thịnh phải tháo chạy ra Bắc.
Sau đó, Chúa Nguyễn sai Tiết chế Lê Văn Duyệt (có Lê Chất đi theo) đem quân bộ vào Quảng Nam, Tống Viết Phước(hay Phúc) đem quân thủy, chia đường vào cứu thành Bình Định. Dọc đường, Lê Văn Duyệt đánh thắng nhiều trận, nhưng không kịp cứu Quận Công Võ Tánh và Lễ Bộ Ngô Tùng Châu. Vì lương hết, hai ông đều đã tuẫn tiết vào cuối tháng 5 (âm lịch) năm 1801. Xét công, Chúa Nguyễn phong Lê Văn Duyệt làm "Thần sách quân Chưởng tả dinh Đô thống chế Quận Công". Lại cho Lê Chất làm tướng dưới quyền, để cùng mang quân đi thu phục các nơi.
Ngày mồng 1 tháng 5 năm Nhâm Tuất ( tức 31 tháng 5 năm 1802), Chúa Nguyễn Phúc Ánh lên ngôi tại Phú Xuân, đặt niên hiệu là Gia Long. Lê Văn Duyệt được phong làm "Khâm sai Chưởng Tả Quân dinh Bình Tây tướng quân, tước Quận công" để cùng với Lê Chất đem bộ binh ra Bắc truy diệt vua quan nhà Tây Sơn. Theo phối hợp còn có binh thuyền do tướng Nguyễn Văn Trương chỉ huy. Đến tháng 6 (âm lịch), thì quân bộ sang sông Linh Giang (tức sông Gianh ở Quảng Bình) rồi hiệp với quân thủy đánh lấy Nghệ An, Thanh Hóa, Thăng Long. Đến lúc ấy, nhà Tây Sơn kể như bị diệt.Làm đại thần nhà Nguyễn.