Làm đại thần nhà Nguyễn (dưới triều Gia Long).
Tháng 3 (âm lịch) năm 1803, Lê Văn Duyệt phá tan cuộc nổi dậy của người dân thiểu số ở Đá Vách (Quảng Nghĩa, nay là Quảng Ngãi), được Vua khen thưởng. Tháng 8 (âm lịch) năm đó, cha Lê Văn Duyệt là Lê Văn Toại được vua cho mời ra Huế ban khăn áo.
Năm 1808, lại sai Lê Văn Duyệt mang quân đến Đá Vách. Thấy Phó quản cơ Lê Quốc Huy, vì nhiễu hại quá, nên dân mới nổi dậy. Lê Văn Duyệt bèn xin lệnh chém chết viên quan này, từ đó Quảng Nghĩa lại được yên.
Tháng 6 (âm lịch) năm 1812, Vua cho triệu Tổng trấn Gia Định thành Nguyễn Văn Nhơn về, cử Lê Văn Duyệt vào thay, và cho Trương Tấn Bửu làm phó tổng trấn, Ngô Nhân Tịnh làm hiệp trấn.
Tháng 2 (âm lịch) năm 1813, nhận lệnh Vua, Lê Văn Duyệt và Hiệp trấn Ngô Nhân Tĩnh đem 13.000 quân thủy đưa Nặc Chân về nước Chân Lạp(Campuchia ngày nay). Tại đây, ông thấy quân Xiêm cứ dòm ngó Chân Lạp, bèn xin Vua Gia Long cho đắp thành Nam Vang cho vua nước này ở (trước đó ở thành La Bích), đắp thành Lô Yêm để trữ lương, đồng thời lưu binh ở lại bảo hộ (Nguyễn Văn Thoại được cử ở lại). Tất cả đều được vua nghe theo.
Năm 1815, Lê Văn Duyệt được chỉ triệu về kinh để bàn nghị về ngôi thái tử. Khi ấy, Nguyễn Huỳnh Đức thay ông làm tổng trấn, và Trịnh Hoài Đức làm hiệp trấn.
Tháng 4 (âm lịch) năm 1816, Vua ra lệnh thâu ấn của Nguyễn Văn Thành, giam Nguyễn Văn Tuyên (con ông Thành) vào ngục, vì ông Tuyên có làm một bài thơ bị Lê Văn Duyệt (vốn có hiềm khích với ông Thành từ trước) cho là có ý mưu phản.
Sang tháng 5 (âm lịch) năm đó, dân thiểu số ở Vách Đá lại nổi dậy, Trấn thủ Phan Tấn Hoàng đánh bị thua. Vua Gia Long lại phải sai Lê Văn Duyệt đem quân tới đàn áp.
Tháng Giêng (âm lịch) năm 1819, Lê Văn Duyệt nhận mệnh đi kinh lược các vùng:Thanh Hóa, Nghệ An và Thanh Bình (nay đổi là Ninh Bình). Vì các nơi ấy thường mất mùa, sinh ra nhiều trộm cướp, quan sở tại không kiềm chế được. Đến nơi, ông dâng sớ về triều "nói việc khổ của dân, xin tha thuế cho dân, lại phải lựa quan trấn để an tập dân", được vua y cho. Ở Thanh Hóa, ông nhận Lê Văn Khôi làm con nuôi. Ông Khôi nguyên là người ở Cao Bằng, vì khởi binh chống Nguyễn, bị quan quân đuổi đánh, phải chạy vào Thanh Hóa, gặp ông Duyệt đang làm Kinh lược ở đấy, bèn xin ra đầu thú.
Tháng 9 (âm lịch), triệu Lê Văn Duyệt về triều. Sang tháng 12 (âm lịch), Vua Gia Long cho đòi ông và Phạm Đăng Hưngvào cung lãnh di chiếu, tôn Nguyễn Phúc Đảm lên ngôi (tức vua Minh Mạng) đồng thời nhà vua cho ông Duyệt cai quản quân 5 dinh Thần sách.
Cũng trong năm này, theo Vũ Man tạp lục của tướng Nguyễn Tấn và Viêm Giao trưng cổ ký của Cao Xuân Dục, thuận theo lời tâu của Lê Văn Duyệt, Vua cho xây Trường lũy (Tĩnh Man trường lũy), dài xấp xỉ 200 km, bắt đầu từ huyện Trà Bồng (Quảng Ngãi) đến huyện An Lão (Bình Định), để phòng ngự các cuộc nổi dậy của người thiểu số ở đây.
Năm 1808, lại sai Lê Văn Duyệt mang quân đến Đá Vách. Thấy Phó quản cơ Lê Quốc Huy, vì nhiễu hại quá, nên dân mới nổi dậy. Lê Văn Duyệt bèn xin lệnh chém chết viên quan này, từ đó Quảng Nghĩa lại được yên.
Tháng 6 (âm lịch) năm 1812, Vua cho triệu Tổng trấn Gia Định thành Nguyễn Văn Nhơn về, cử Lê Văn Duyệt vào thay, và cho Trương Tấn Bửu làm phó tổng trấn, Ngô Nhân Tịnh làm hiệp trấn.
Tháng 2 (âm lịch) năm 1813, nhận lệnh Vua, Lê Văn Duyệt và Hiệp trấn Ngô Nhân Tĩnh đem 13.000 quân thủy đưa Nặc Chân về nước Chân Lạp(Campuchia ngày nay). Tại đây, ông thấy quân Xiêm cứ dòm ngó Chân Lạp, bèn xin Vua Gia Long cho đắp thành Nam Vang cho vua nước này ở (trước đó ở thành La Bích), đắp thành Lô Yêm để trữ lương, đồng thời lưu binh ở lại bảo hộ (Nguyễn Văn Thoại được cử ở lại). Tất cả đều được vua nghe theo.
Năm 1815, Lê Văn Duyệt được chỉ triệu về kinh để bàn nghị về ngôi thái tử. Khi ấy, Nguyễn Huỳnh Đức thay ông làm tổng trấn, và Trịnh Hoài Đức làm hiệp trấn.
Tháng 4 (âm lịch) năm 1816, Vua ra lệnh thâu ấn của Nguyễn Văn Thành, giam Nguyễn Văn Tuyên (con ông Thành) vào ngục, vì ông Tuyên có làm một bài thơ bị Lê Văn Duyệt (vốn có hiềm khích với ông Thành từ trước) cho là có ý mưu phản.
Sang tháng 5 (âm lịch) năm đó, dân thiểu số ở Vách Đá lại nổi dậy, Trấn thủ Phan Tấn Hoàng đánh bị thua. Vua Gia Long lại phải sai Lê Văn Duyệt đem quân tới đàn áp.
Tháng Giêng (âm lịch) năm 1819, Lê Văn Duyệt nhận mệnh đi kinh lược các vùng:Thanh Hóa, Nghệ An và Thanh Bình (nay đổi là Ninh Bình). Vì các nơi ấy thường mất mùa, sinh ra nhiều trộm cướp, quan sở tại không kiềm chế được. Đến nơi, ông dâng sớ về triều "nói việc khổ của dân, xin tha thuế cho dân, lại phải lựa quan trấn để an tập dân", được vua y cho. Ở Thanh Hóa, ông nhận Lê Văn Khôi làm con nuôi. Ông Khôi nguyên là người ở Cao Bằng, vì khởi binh chống Nguyễn, bị quan quân đuổi đánh, phải chạy vào Thanh Hóa, gặp ông Duyệt đang làm Kinh lược ở đấy, bèn xin ra đầu thú.
Tháng 9 (âm lịch), triệu Lê Văn Duyệt về triều. Sang tháng 12 (âm lịch), Vua Gia Long cho đòi ông và Phạm Đăng Hưngvào cung lãnh di chiếu, tôn Nguyễn Phúc Đảm lên ngôi (tức vua Minh Mạng) đồng thời nhà vua cho ông Duyệt cai quản quân 5 dinh Thần sách.
Cũng trong năm này, theo Vũ Man tạp lục của tướng Nguyễn Tấn và Viêm Giao trưng cổ ký của Cao Xuân Dục, thuận theo lời tâu của Lê Văn Duyệt, Vua cho xây Trường lũy (Tĩnh Man trường lũy), dài xấp xỉ 200 km, bắt đầu từ huyện Trà Bồng (Quảng Ngãi) đến huyện An Lão (Bình Định), để phòng ngự các cuộc nổi dậy của người thiểu số ở đây.