Các mối đe dọa khác ngoài săn bắt
Vì kích thước khổng lồ, sức mạnh và tốc độ của mình, cá voi xanh hầu như không có thiên địch trong tự nhiên. Có một lần tạp chí National Geographic đã đưa tin về một con cá voi xanh bị tấn công bởi một đàn cá voi sát thủ tại bán đảo Baja California. Mặc dù bầy cá voi sát thủ không thể giết được con cá voi xanh này, nó bị thương nặng và chết không lâu sau đó. Gần 1/4 cá voi xanh tại Baja mang những vết sẹo do bị cá voi sát thủ cắn.
Cá voi xanh có thể bị thương, thậm chí chết, do va chạm với tàu bè hay bị vướng vào lưới đánh cá. Việc sử dụng ngày càng nhiều sonar trong kĩ thuật hàng hải đã làm nhiễu những bài hát của cá voi, khiến chúng gặp khó khăn trong giao tiếp. Cá voi xanh ngừng phát ra tiếng kêu D khi một sóng sonar tần số trung được bật, mặc dù tần số này (1–8 kHz) nằm ngoài ngưỡng giọng của chúng (25–100 Hz). Việc thải polychlorinated biphenyl (PCB) ra tự nhiên - một chất gây ảnh hưởng nghiêm trọng lên sức khỏe động vật - cũng đe dọa đến sự phục hồi của cá voi xanh.
Có quan ngại rằng nếu các sông băng và băng vĩnh cửu tan quá nhanh vì sự ấm lên toàn cầu, một lượng lớn nước ngọt chảy ra đền một mức nào đó sẽ làm ngưng sự luân chuyển thủy nhiệt. Cá voi xanh dựa trên sự luân chuyển này, tức là sự dịch chuyển của dòng biển nóng và lạnh, để di cư. Chúng kiếm ăn tại các vùng nước mát giàu nhuyễn thể ở vĩ độ cao vào mùa hè, và trú đông cũng như đẻ con ở các vùng nước ấm thuộc vĩ độ thấp hơn vào mùa đông. Nếu như cơ chế chuyển dịch dòng biển này bị ngưng thì cá voi xanh có thể sẽ gặp nhiều vấn đề khó khăn.
Sự thay đổi nhiệt độ nước biển cũng ảnh hưởng đến nguồn thức ăn của cá voi xanh. Nhiệt độ tăng trong khi nồng độ muối lại đi xuống sẽ làm thay đổi sự phân bố cũng như giảm đáng kể số lượng moi lân mà cá voi xanh ăn.
