Thiết lập nền tảng độc lập

Năm 1600 sau khi từ Bắc về, ông dời dinh sang phía đông của dinh Ái Tử, gọi là Dinh Cát. Năm 1602, Nguyễn Hoàng cho lập dinh Thanh Chiêm (Quảng Nam) giao cho công tử Nguyễn Phúc Nguyên làm trấn thủ. Năm 1604, Nguyễn Hoàng cho lập phủ Điện Bàn tách ra từ đất của phủ Triệu Phong của Xứ Thuận Hóa, lệ thuộc xứ Quảng Nam. Phủ Điện Bàn sát nhập với 3 phủ Thăng Hoa, phủ Tư Nghĩa và phủ Hoài Nhơn để thành lập Dinh Quảng Nam. Phủ Điện Bàn quản 5 huyện : Tân Phúc, An Nông, Hòa Vang, Diên Khánh, Phú Châu. Xây dựng Dinh trấn tại Thanh Chiêm trên đất phủ Điện Bàn ở bên bờ bắc Sông Chợ Củi, tục gọi là Dinh Chiêm và cử công tử Nguyễn Phúc Nguyên làm quan trấn thủ.

Dinh trấn Thanh Chiêm có vai trò hết sức quan trọng dưới thời Nguyễn Hoàng cũng như thời kỳ các Chúa Nguyễn kế nghiệp, là cơ sở đào luyện các quốc vương của Đàng Trong (làm quan trấn thủ khi lên ngôi Chúa Nguyễn), là trung tâm điều hành việc phát triển và hậu cần kinh tế cho Đàng Trong, nhất là việc chỉ đạo hoạt động của thương cảng quốc tế Hội An, là bộ tham mưu đảm bảo an ninh cho Dinh Quảng Nam góp phần quan trọng bảo vệ độc lập tự do và chủ quyền của ĐàngTrong chống lại sự tấn công của Chúa Trịnh ở Đàng Ngoài và mở rộng bờ cõi về phương nam.

Năm 1609, Chúa Tiên Nguyễn Hoàng đã cho xây dưng Chùa Kinh Thiên trên huyện Lệ Thủy ở Dinh Quảng Bình, Chùa Long Hưng bên cạnh Dinh trấn Thanh Chiêm trên huyện Diên Phước, Dinh Quảng Nam (về sau qua thời gian chùa bị hư hỏng) và Chùa Bảo Châu trên huyện Duy Xuyên, Dinh Quảng Nam (nơi về sau Thống Thái phó Mạc Cảnh Huống tu hành sau khi nghỉ hưu) về sau quân Tây Sơn phá hủy khi chiếm được Dinh Quảng Nam vào năm 1774.