Đầu tiên trong danh sách chính là Orochimaru - nhân vật phản diện chính trong phần I của bộ phim anime Naruto, nhưng sau đó trở thành nhân vật phản diện phụ trong phần II. Hắn ta đã từng là một trong những ninja mạnh nhất được nuôi dưỡng bởi Konoha, và là một trong những "Ba ninja huyền thoại". Anh ta từng là một ninja ANBU trong nhánh Root, nhưng đã rời làng để theo đuổi tham vọng vô hạn của mình.

Orochimaru là nhân vật đã từng tấn công Konoha và giết chết Hiruzen Sarutobi, Hokage đệ tam và những thủ đoạn xấu xa. Mãi cho đến khi được Uchiha Sasuke hồi sinh sau khi bị Uchiha Itachi phong ấn vĩnh viễn thì hắn ta mới thay đổi. Mục đích sống của Orochimaru là để xem Sasuke có thể đạt được mục tiêu của mình dễ dàng như thế nào, và không còn muốn tấn công làng Lá nữa. Từ đó nhân vật phản diện này mới quay xe trở thành người bình thường và không làm chuyện gây hại gì nữa.

Gaara là người con của sa mạc, ninja của làng cát, là đứa trẻ có đôi mắt buồn và luôn luôn khao khát tình yêu. Xuất hiện lần đầu tiên trong bộ Naruto, Gaara là một Genin "máu lạnh" đến từ Làng Cát, người tham gia kỳ thi Chunin ở Konoha. Khi đó, lý do duy nhất khiến Gaara muốn giết người là vì cậu bị xa lánh và sống cô đơn trong thời gian dài. Với sức mạnh Jinchuriki của Vĩ thú Shukaku và khả năng điều khiển cát tự do, Gaara là một đối thủ đáng gờm đối với bất kỳ ai.

Gaara đã từng là nhân vật phản diện nhưng với trái tim vẫn hướng thiện, Naruto đã đánh thức nhân tính của Gaara. Sau khi bị đánh bại bởi Naruto, anh cảm thấy đồng cảm vì Naruto hiểu nỗi đau của mình. Gaara quên đi mọi hận thù và bắt đầu một cuộc đời khác, không hận thù và ý nghĩa hơn bằng cách trở thành bạn của Naruto.

Gaara là bằng chứng của sự cứu rỗi và bản ngã đẹp đẽ và cao quý của mọi người. Nhờ đó, anh ghi dấu ấn sâu đậm trong lòng người hâm mộ và được khán giả yêu mến dù không đảm nhận vai nam chính.

Itachi là thành viên của gia tộc Uchiha nổi tiếng và là anh trai của Sasuke Uchiha. Trong Naruto, Itachi được mọi người ca ngợi là ninja giỏi nhất trong thế hệ và hơn hết là một thiên tài nhờ nhẫn thuật hạng nhất và khả năng bắn nhanh. Tuy nhiên, để ngăn chặn cuộc nổi loạn của tộc mình, Itachi bị ép phải diệt gia tộc vì đại nghĩa theo lệnh của Danzo nên chịu vô số tai tiếng và trở thành một tên tội phạm truy nã cấp S của làng Lá.

Tuy nhiên, sau khi sự thật của toàn bộ câu chuyện được tiết lộ, Itachi thực sự là anh hùng của Konoha, người đã hy sinh hạnh phúc của bản thân để ngăn chặn sự bùng nổ của cuộc nội chiến chết chóc ở Konoha. Ngay cả sau khi rời làng, Itachi vẫn gia nhập tổ chức Akatsuki và lặng lẽ tiếp tục bảo vệ quê hương của mình khỏi bóng tối. Itachi Uchiha là lý do Sasuke Uchiha muốn rèn luyện bản thân và trở nên mạnh mẽ hơn để trả thù cho anh trai mình.

Sasuke cũng là thành viên của gia tộc Uchiha - một gia tộc ninja lâu đời liên minh với Konoha. Động lực chính của anh ấy trong suốt bộ truyện là trả thù cho sự sụp đổ của cả gia tộc bằng cách giết chết em trai Itachi của mình, và anh ấy theo đuổi sứ mệnh đó bằng mọi giá. Ban đầu nhẫn tâm và bị ám ảnh một cách kỳ lạ bởi sự trả thù, Sasuke trở nên đồng cảm hơn thông qua mối quan hệ của cậu với các nhân vật khác, đặc biệt là Uzumaki Naruto, người mà cậu luôn coi là kẻ ác.

Sasuke có kỹ năng chiến đấu ấn tượng, đóng vai trò then chốt trong cốt truyện và là đối thủ xứng tầm của Naruto. Tác giả của bộ truyện Naruto từng nói rằng mặc dù hành động của Sasuke có một số đức tính tốt, chẳng hạn như bảo vệ lý tưởng của gia tộc mình, nhưng bản chất tự cho mình là trung tâm của anh ấy thường làm tổn thương người khác. Sasuke dù tốt hay xấu thì sức ảnh hưởng của anh đối với người xem vẫn vô cùng lớn

Uchiha Obito là một ninja làng lá được cho là đã chết trong chiến tranh. Hóa ra Uchiha còn sống là do được Madara cứu và lợi dụng Obito để biến ước mơ thành hiện thực. Obito Uchiha là người đứng sau cuộc tấn công của Kurama ở Konoha dẫn đến cái chết của Minato và Kushina. Anh ta cũng gây ra Đại chiến thế giới Shinobi lần thứ tư và nhiều cái chết vô tội.

Mãi cho đến khi Obito nhận ra rằng Madara Uchiha đã sử dụng anh ta như một con tốt mà Naruto đã thay đổi cách nhìn của cậu về cuộc sống thì Obito mới trở lại để giúp đỡ Liên minh Shinobi. Để bày tỏ sự ăn năn về hành động sai trái của mình, Obito quyết định làm lại những gì Nagato đã làm, hy sinh mạng sống của mình để đổi lấy sự trở lại của những người mà anh và Madara đã giết trong cuộc chiến. Khi anh ta ra đi, Obito đã chết như một anh hùng, không phải kẻ phản diện.