Năm 2016, sau đợt xét tuyển đại học lần thứ nhất, rất nhiều trường đại học dù là top đầu cho đến top giữa hay top dưới đều thiếu từ hàng trăm đến hàng nghìn sinh viên. Cụ thể, Đại học Y Hà Nội thiếu 206 chỉ tiêu; Học viện Báo chí và Tuyên truyền xét tuyển bổ sung đến 500 chỉ tiêu; Đại học Nông lâm (Đại học Thái Nguyên) chỉ có 233 thí sinh trúng tuyển trong tổng số 1.370 chỉ tiêu; Học viện Nông nghiệp Việt Nam cũng phải tuyển bổ sung 1.554 thí sinh trong tổng số chỉ tiêu tuyển sinh là 5.300; Đại học Hồng Đức đặc biệt còn thiếu 50% sinh viên và nhiều trường đại học khác cũng rơi vào tình trạng tương tự.
Lý giải tình trạng hết thời gian đăng ký nhập học đợt 1 mà vẫn thiếu đến hàng nghìn chỉ tiêu như vậy, lãnh đạo nhiều trường cho biết là vì tỷ lệ thí sinh ảo ở mức cao. Trong đợt xét tuyển đầu tiên, các thí sinh được nộp tối đa 4 nguyện vọng vào 2 trường, nên các trường đành phải chấp nhận tỷ lệ ảo lên đến mức 50%.
Thực trạng này khiến cho các trường đại học thay vì tăng quy mô mà cần tập trung vào nâng cao chất lượng đào tạo để thu hút thí sinh. Nhiều trường còn chưa bố trí nhân lực cần thiết cho công tác xây dựng khoa học, công nghệ để phát triển theo hướng bền vững. Chất lượng đào tạo của nhiều trường vẫn còn thấp so với yêu cầu cơ bản của xã hội nên người học chưa thực sự mặn mà với việc học đại học.

Chiều ngày 28/9, Bộ Giáo dục và Đào tạo chính thức công bố phương án thi THPT quốc gia 2017, so với dự thảo công bố trước đó không có sự thay đổi nhiều. Trong đó, vấn đề được quan tâm nhất đó chính là vấn đề 3 bài thi độc lập, 2 bài tổ hợp. Cụ thể, thay vì thi 8 môn như năm trước, thí sinh sẽ phải thi 5 bài, gồm 3 bài độc lập môn Toán, Ngữ văn, Ngoại ngữ và hai bài thi tổ hợp gồm các mục Khoa học tự nhiên (gồm môn: Vật lý, Hóa học, Sinh học) và Khoa học xã hội (gồm môn: Lịch sử, Địa lý, Giáo dục công dân đối với các thí sinh hệ giáo dục THPT; Lịch sử, Địa lý đối với thí sinh hệ Giáo dục thường xuyên). Trừ bộ môn Ngữ văn thi tự luận, riêng 4 bài còn lại sẽ thi theo hình thức trắc nghiệm.
Bộ trưởng GD&ĐT Phùng Xuân Nhạ khẳng định rằng thí sinh không thể học tủ, nhìn bài, nhắc đáp án trong khi làm bài trắc nghiệm được. Vì mỗi thí sinh sẽ có một mã đề riêng, đảm bảo 80% câu hỏi sẽ không trùng lặp.
Ngày 5/10, Bộ GD&ĐT đã công bố đề thi minh họa. Ngay sau đó, rất nhiều trung tâm luyện thi trắc nghiệm cũng đã xuất hiện.

Vào sáng ngày 9/4, Quốc hội đã chính thức phê chuẩn nội các của Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc. Ông Phùng Xuân Nhạ, hiện là Giám đốc ĐH Quốc gia Hà Nội, trở thành Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo.
Sau khi lên nhậm chức, ông đã nêu quan điểm của mình “giáo dục không phải trận đánh, giáo dục là con người”. Tân bộ trưởng tâm niệm rằng chỉ khi nào xã hội có niềm tin vào giáo dục thì mới thắng lợi; chưa có niềm tin thì vẫn còn thất bại. Theo ông, giáo dục có rất nhiều khía cạnh cần phải đổi mới, cần phải chuyển từ phương thức truyền thụ kiến thức theo kiểu nhồi nhét sang phương thức tiếp cận năng lực.
Ngoài ra, các chuyên gia nhận định những vấn đề cần giải quyết như chất lượng đào tạo suy giảm, tỷ lệ thất nghiệp tăng, thiếu nguồn giảng viên chất lượng và mức độ quốc tế hóa còn thấp là những thách thức rất lớn đối với ông Phùng Xuân Nhạ trên cương vị tư lệnh ngành giáo dục như hiện tại.

Tháng 4/2016, rộ lên một thông tin "lò đào tạo tiến sĩ" được lan truyền trên mạng một lần nữa đã dấy lên lo ngại về chất lượng đào tạo tiến sĩ ở nước ta. Cứ trung bình một tháng, Học viện Khoa học Xã hội thuộc Viện Hàn lâm Khoa học Xã hội có gần 20 tiến sĩ tốt nghiệp với nhiều luận án bị cho là chưa xứng tầm. Trình độ tiếng Anh của những “lò đào tạo tiến sĩ” cũng bị nhận xét là “dở hơn Google dịch”.
Tại phiên họp Chính phủ thường kỳ vào ngày 4/5, Thủ tướng Chính phủ, ông Nguyễn Xuân Phúc đã chỉ đạo Bộ GD&ĐT chấn chỉnh lại việc đào tạo tiến sĩ. Vào ngày 13/6, Bộ GD&ĐT có công văn chính thức gửi các cơ sở đào tạo trình độ tiến sĩ về việc tiến hành rà soát lại điều kiện để đảm bảo chất lượng.
Trong buổi tọa đàm “Nâng cao chất lượng đào tạo tiến sĩ” diễn ra vào sáng ngày 10/11, Thứ trưởng Bộ GD&ĐT Bùi Văn Ga phải thừa nhận rằng chất lượng đào tạo tiến sĩ ở nước ta không đồng đều. Theo ông, nguyên nhân là nằm ở học viên, người hướng dẫn và cả các cơ sở đào tạo cũng như kinh phí đầu tư.

Tháng 5/2016, chỉ ngay sau khi dự án VNEN (Trường học kiểu mới ở Việt Nam) kết thúc, câu hỏi nên dừng lại hay tiếp tục áp dụng mô hình này đã được đặt ra. Câu hỏi này đã gây ra nhiều tranh cãi về tính khả thi cũng như hiệu quả của dự án. Vào ngày 18/8, Bộ trưởng Bộ GD&ĐT đã gửi công văn tới các địa phương về mô hình VNEN. Ông đánh giá rằng VNEN có rất nhiều điểm tích cực, song khi triển khai vẫn còn bị máy móc và nóng vội.Theo thông tư 30 nhìn từ tờ giấy khen "danh hiệu từng mặt": Giấy khen khen thưởng rằng "Đạt danh hiệu học sinh từng mặt" đã đặt ra những câu hỏi về cách thức thực hiện Thông tư 30 đã thực sự chính xác chưa? Thông tư này đã thay đổi rất nhiều việc đánh giá học sinh tiểu học.
Trong khi Thành phố Hồ Chí Minh bắt đầu mở rộng triển khai mô hình VNEN thì phụ huynh và giáo viên một số tỉnh thành khác như Lâm Đồng, Nghệ An, Hà Tĩnh lại vô cùng phản đối, họ cho rằng nó không mang lại hiệu quả. Ngoài ra, vào cuối tháng 5, đầu tháng 6, rất nhiều phụ huynh học sinh cũng bức xúc trước các kiểu giấy khen, danh hiệu khó hiểu như “khen từng mặt”, “hoàn thành nhiệm vụ”.
Trước thực trạng này, cuối tháng 9, Bộ GD&ĐT đã ra Thông tư 22 sửa đổi, bổ sung một số điều của Quy định đánh giá học sinh tiểu học ban hành kèm theo Thông tư 30. Cụ thể, giáo viên sẽ đánh giá học sinh theo 3 mức vào giữa và cuối mỗi học kỳ.

Đầu năm học 2016, xây dựng lộ trình đưa tiếng Anh trở thành ngôn ngữ thứ hai ở Việt Nam trở thành nhiệm vụ đáng chú ý nhất của ngành giáo dục. Tuy nhiên, rất nhiều người đánh giá đây là mục tiêu quá lớn và khó thực hiện so với khả năng giáo dục của Việt Nam hiện tại.
Vào ngày 17/9, lãnh đạo Bộ GD&ĐT cho biết đã xây dựng được chương trình giáo dục phổ thông môn tiếng Trung và tiếng Nga theo chương trình 10 năm và cũng sẽ tổ chức thí điểm dạy như ngoại ngữ thứ nhất vào năm 2017. Tiếng Nhật cũng được cho phép nằm trong lộ trình giảng dạy để có thành trở thành ngoại ngữ thứ nhất.
Trong phiên chất vấn Quốc hội vào ngày 16/11, khi được hỏi về vấn đề này , Bộ trưởng Phùng Xuân Nhạ khẳng định rằng đến năm 2020, nước ta chưa thể nào thực hiện được các mục tiêu đặt ra trong đề án. Trước Quốc hội, bộ trưởng đã nhận trách nhiệm về vấn đề này. Ông thừa nhận rằng đề án cần phải được xây dựng thiết thực, khả thi, bám sát với mục tiêu hơn.

Năm 2016, vấn đề tự chủ đại học lại một lần nữa "nóng" lên. Tháng 1/2016, Chính phủ đã cho phép 12 trường đại học tổ chức thí điểm tự chủ trong giai đoạn 2015 - 2017. Lãnh đạo các trường đại học cho rằng tự chủ là một xu thế tất yếu của giáo dục đại học nước ta hiện nay. Song trong quá trình thực hiện, rất nhiều vấn đề đã nảy sinh như việc các trường mở hàng loạt các ngành mới mà không cần thông qua sự phê duyệt của Bộ GD&ĐT, việc tăng học phí và không công khai học phí.
Năm 2016, vấn đề rút ngắn thời gian đào tạo đại học cũng được cộng đồng vô cùng quan tâm. Tháng 11, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc đã phê duyệt khung cơ cấu hệ thống giáo dục quốc dân. Cụ thể, thời gian đào tạo bậc đại học sẽ rút ngắn từ 4 - 6 năm xuống chỉ còn 3 - 5 năm. Thời gian đào tạo hệ cao đẳng thay vì 3 năm, nay chỉ là 2 - 3 năm. Việc rút ngắn này kỳ vọng sẽ giúp người học có thêm cơ hội tìm kiếm việc làm sớm hơn, tổng chi phí đào tạo sẽ giảm xuống, khung chương trình đồng thời sẽ được giảm tải một số môn học, song điều này cũng đã đặt ra vấn đề các trường sẽ phải điều chỉnh chương trình học như thế nào để đảm bảo chất lượng đầu ra.

Vấn để đổi mới sách giáo khoa đã được đặt ra từ năm 2015. Theo lộ trình, vào năm học 2018 - 2019, chương trình giáo dục phổ thông tổng thể sẽ được áp dụng nhiều bộ sách giáo khoa hàng loạt. Rất nhiều giáo viên lo ngại rằng sách giáo khoa mới sẽ vẫn nặng về nội dung và phụ thuộc quá nhiều vào nỗ lực giảng dạy của từng giáo viên. Đầu tháng 2/2016, mạng xã hội xuất hiện một thông tin rằng sẽ có sách giáo khoa riêng cho hai miền Nam - Bắc. Lãnh đạo Bộ GD&ĐT và NXB Giáo dục Việt Nam đều lên tiếng bác bỏ thông tin này.
Đại diện Ban soạn thảo và Đổi mới sách giáo khoa đã khẳng định, chương trình sách giáo khoa phổ thông mới sắp tới sẽ được lồng ghép và tăng cường nhiều yếu tố nhận thức giới và bình đẳng giới.
Tháng 4, Chính phủ đã chỉ đạo Bộ GD&ĐT phải rà soát và bảo đảm tất cả bản đồ giáo khoa đều có vẽ rõ và ghi tên hai quần đảo Hoàng Sa, Trường Sa để qua đó khẳng định chủ quyền của Việt Nam đối với hai quần đảo này.

Sau khi làm việc với lãnh đạo Bộ GD&ĐT, Bí thư Thành ủy TP.HCM, ông Đinh La Thăng đã chỉ đạo Giám đốc Sở GD&ĐT Lê Hồng Sơn cần chấn chỉnh và nghiêm cấm tình trạng dạy thêm cũng như học thêm trong năm học tới. Chỉ đạo này ngay lập tức đã gây ra cuộc tranh luận lớn trong đội ngũ giáo viên cũng như cộng đồng.
Các giáo viên ở TP.HCM mong thành phố gỡ quy định này vì chương trình học hiện còn quá nặng, thi cử còn áp lực nên việc dạy thêm và học thêm là điều cần thiết để đảm bảo vẫn cung cấp đủ lượng kiến thức cho học sinh.
Vào ngày 29/9, tại cuộc họp báo công bố thông tin về quy định cấm dạy thêm và học thêm, Chánh văn phòng UBND TP.HCM - ông Võ Văn Hoan đã thừa nhận rằng quy định này có phần vội vàng. Ông cho rằng thành phố cần phải có lộ trình thực hiện để tránh gây bức xúc cho xã hội.

Năm 2016 được xem là năm biến động của giáo dục khi mà bạo lực học đường vẫn còn là vấn đề nhức nhối của ngành giáo dục nói riêng và xã hội nói chung. Tình hình trở nên càng nghiêm trọng khi dưới tác động tiêu cực của mạng xã hội, rất nhiều học sinh, đặc biệt là các nữ sinh đã dễ dàng đánh bạn chỉ vì những mâu thuẫn rất nhỏ. Các em còn có hành vi bạo hành tinh thần bằng cách lăng mạ, quay video đăng lên mạng xã hội.
Các vụ giáo viên đánh, chửi học sinh cũng gây phẫn nộ cho dư luận, gây nghi ngờ về tư cách đạo đức của những người làm công tác giáo dục. Đặc biệt hơn nữa, bạo lực học đường còn bắt đầu diễn biến phức tạp khi có một số phụ huynh không kiềm chế được sự tức giận của mình trước việc giáo viên đánh con mình đã đáp trả bằng hành vi bạo lực.