Điều khác biệt chủ yếu đầu tiên của nước mắm Phú Quốc chính là ở màu nâu cánh gián đặc trưng. Đó là màu của tự nhiên, không hề pha trộn tạp chất nào như những nước mắm khác. Thành phần chính ở nước mắm Phú Quốc chính là được làm từ các loại cá cơm rất đặc biệt và chỉ xuất hiện ở vùng biển Kiên Giang mà thôi.

Sở dĩ nước mắm Phú Quốc có màu nâu cánh gián bởi vì nước mắm Phú Quốc khi chế biến thường cho thêm vài trái thơm hoặc mít và phơi nắng nhiều nên nước mắm có màu nâu cánh gián và mùi vị dịu hơn. Cùng với đó, màu nâu cánh gián trong nước mắm truyền thống này có được chính là nhờ cách ướp tươi lúc vẫn còn máu trong thân cá và ủ 12 tháng trong thùng gỗ và có thể có nhiều nhà còn ủ tới 15 tháng trong thùng gỗ tùy vào cách chế biến mỗi người.

Vị ngọt của nước mắm truyền thống Phú Quốc chính là vị ngọt của độ đạm tự nhiên đã được tạo thành trong quá trình ủ cá cơm tươi với muối trong hoặc hơn 12 tháng. Đó chính là vị ngọt đậm đà, mặn mà lan tỏa và đọng lại trong miệng. Điều này chỉ có được trong nước mắm truyền thống Phú Quốc. Bởi nguyên liệu làm ra nước mắm truyền thống là loại cá cơm cho ra lượng đạm tự nhiên cao và đạt đến hương vị thơm ngọt tự nhiên vô cùng ngon miệng.

Nước mắm Phú Quốc là sản phẩm tinh túy được sản xuất theo phương pháp của Nhà nghề Truyền thống, tuân thủ nghiêm ngặt các quy định về "Chỉ dấn địa lý của Nước mắm Phú Quốc", và được đóng chai ngay tại đảo Phú Quốc. Nước mắm Phú Quốc có vị ngọt đậm đà, tự nhiên, dư vị ngọt kéo dài, gọi là hậu vị. Đó là điểm khác biệt của Nước mắm ở đây so với các loại nước mắm khác có pha thêm đường, bột ngọt, hoặc tạo độ đạm cao bằng hóa chất, hoặc bằng phương pháp công nghiệp.

Đây là thành phần chủ yếu quyết định giá trị dinh dưỡng của nước mắm. Độ đạm tự nhiên là một thành tố tạo nên vị ngọt thơm của nước mắm vì thế mà độ đạm càng cao thì nước mắm càng thơm ngon hơn. Nước mắm truyền thống Phú Quốc là loại nước mắm có hàm lượng đạm tự nhiên cao nhất trong các loại nước mắm hiện nay. Vì thành phần làm nên nước mắm chính là các loại cá cơm cho ra lượng đạm tự nhiên cao, đạt đến 40-45 độ và đó cũng chính là độ đạm cao nhất có thể tạo ra bằng phương pháp tự nhiên.

Ở Phú Quốc người ta có thể lấy được nước mắm có độ đạm cao tới 40-50 độ đạm do phương pháp kéo rút – phơi nắng lặp lại nhiều lần trong thời gian dài tới 12 tháng hoặc hơn, khiến phần dịch được cô đặc dần lại. Các loại nước mắm thương phẩm trên 60oN thường được chế biến bằng cách cô đặc chân không. Phương pháp cô đặc kiểu này làm mất bớt các chất dễ bay hơi làm nước mắm loại này có mùi dịu hơn.

Cùng với vị ngọt thơm của nước mắm truyền thống Phú Quốc chính là vị mặn đậm đà của nó. Có thể khẳng định rằng nếu không mặn mà, đậm đà thì chắc chắn không phải là nước mắm truyền thống! Điều này là nhờ đặc trưng của quy trình sản xuất truyền thống mới tạo ra được vậy.

Theo quy trình, cá tươi phải được ủ với muối biển theo tỉ lệ nhất định. Muối chính là một phương pháp bảo quản tự nhiên tốt nhất cho chất đạm amin trong nước mắm. Nếu như chất đạm đó bị phân hủy thì nước mắm sẽ bị thiu hoặc bị hỏng. Quá trình ủ chượp không chất xúc tác, cá phân hủy kết hợp với điều kiện tự nhiên, thời tiết khí hậu trên đảo cho ra nước mắm Phú Quốc có những tính chất rất đặc biệt mà những vùng khác không có được. Đó là hương vị nước mắm thơm ngon, ánh lên màu cánh gián bắt mắt, đậm sánh đặc trưng, độ đạm cao được người tiêu dùng ưa thích từ xưa đến nay.

Muối chính là một chất bảo quản tự nhiên tốt nhất cho nước mắm mà không cần bất kỳ chất bảo quản hóa học nào khác. Với độ muối vừa đủ, nước mắm truyền thống được sản xuất ra trong một môi trường sạch và không một loại khuẩn nào có thể tồn tại được trong đó. Đây cũng chính là điều tuyệt vời nhất của nước mắm truyền thống Phú Quốc theo tiêu chuẩn là một sản phẩm sạch hoàn toàn.

Bên cạnh đó, cá đánh bắt xong được ướp muối ngay trên tàu. Nên luôn đảm bảo được độ đạm cao nhất trước khi chuyển về nhà thùng để ủ. Các thùng để ủ cá cũng khá đặc biệt. Bởi đều được làm từ gỗ trên đảo, có độ bền cao và có thể sử dụng trong vài chục năm. Nhiều người cho rằng chính yếu tố này có lẽ cũng góp phần không nhỏ. Khiến nước mắm Phú Quốc trở nên đậm đà hơn.

Đó là mùi thơm ngon đặc trưng của nguyên liệu cá cơm tươi ủ với muối biển trong khoảng thời gian hơn 12 tháng đủ để cá “chín” hoàn toàn. Phương pháp ủ chượp truyền thống của nước mắm Phú Quốc đã làm cho chượp cá “chín” dần dần và sau đó là toàn phần. Đặc biệt, mùi thơm của nước mắm có được chính là mùi tinh khiết của chượp đã chín hoàn toàn. Những phương pháp để tạo ra nước mắm bằng những nguyên liệu và cách chế biến khác nhất định không thể đem đến mùi thơm tinh khiết của riêng nước mắm truyền thống Phú Quốc này được.

Nước mắm Phú Quốc có mùi thơm đặc trưng do vị mặn của muối và ngọt béo của chất đạm từ cá tạo nên một sản phẩm đặc biệt của hải đảo. Chất lượng nước mắm được đánh giá cao qua mùi thơm mà người ta cảm nhận được từ những món nêm, xào, ướp hay nước chấm.

Người tiêu dùng cần phải biết rằng nước mắm truyền thống Phú Quốc được đóng chai theo quy trình khép kín ở tại huyện đảo Phú Quốc. Nhà sản xuất phải có chứng chỉ để chứng nhận sản xuất theo phương pháp truyền thống mới cho ra những sản phẩm nước mắm truyền thống. Nước mắm truyền thống Phú Quốc đã được cấp giấy chứng nhận “chỉ dẫn địa lý”. Và chỉ những chai nước mắm có chứng chỉ trên chai: “Sản xuất và đóng chai tại Đảo Phú Quốc” mới được phép công nhận là nước mắm truyền thống Phú Quốc.

Chính vì thế, nước mắm Phú Quốc là một sản phẩm thơm ngon an toàn, và được nhiều người tin tưởng sử dụng. Sản xuất nước mắm tại Phú Quốc hiện nay vẫn giữ vững quy trình truyền thống kết hợp công nghệ hiện đại nhằm kiểm soát các chỉ tiêu hóa lý theo tiêu chuẩn TCVN 5107:2003, chất lượng, an toàn vệ sinh thực phẩm. Tất cả các nhà thùng Phú Quốc trong quá trình sản xuất đều có sự giám sát, kiểm soát chặt chẽ của cơ quan chức năng quản lý nhà nước theo quy chuẩn quốc gia, đảm bảo chất lượng cho người tiêu dùng.